Ein normal herausgewachsener Weisheitszahn mit relativ geraden Wurzeln kann wie jeder andere Zahn unter örtlicher Betäubung gezogen werden. Sitzt er tief im Kiefer bzw. ist er zum Beispiel verdreht oder gekippt, wird oft ein operativer Eingriff notwendig. Vorab wird der Kiefer geröntgt. So kann die genaue Lage des Zahnes und der Verlauf seiner Wurzeln ermittelt werden.
Meist reicht eine örtliche Betäubung (Lokalanästhesie) aus. Eine Sedierung bzw. Analgosedierung (eine Kombination aus Schmerzausschaltung und Beruhigung) oder Vollnarkose ist nur bei schwierigeren Eingriffen, evtl. beim gleichzeitigen Ziehen mehrerer Zähne oder bei Patienten mit größerer Angst vor der Behandlung sinnvoll. Die Form der Anästhesie hängt in der Regel vom Schwierigkeitsgrad und dem individuellen Befund ab. Die Entfernung kann einzeln, pro Kiefer, pro Kieferseite oder für alle vier Weisheitszähne auf einmal erfolgen. Welche Vorgehensweise sich individuell eignet, wird vorab ausführlich besprochen.
Bei der Entfernung wird der Zahn in der Regel zunächst ein wenig gelockert und dann aus dem Zahnfach gezogen. Falls er nicht oder nur teilweise herausgewachsen ist oder seine Wurzeln sehr verästelt sind, wird die entsprechende Stelle eventuell chirurgisch geöffnet.
Nach dem Ziehen werden das Zahnfach und die Wundstelle gereinigt, desinfiziert und die Wunde mit Nähten geschlossen. Falls nötig, kann die beim Entfernen entsehende Höhlung im Kiefer durch natürliches bzw. synthetisches Knochenmaterial aufgefüllt werden. Dieses wird nach und nach durch körpereigenes Knochenmaterial ersetzt.
Etwa eine Woche nach dem Eingriff werden die Fäden gezogen. Nach ungefähr drei weiteren Tagen ist die Wunde in der Regel weitgehend verheilt.